Pavucontrol est un outil qui permet de gérer indépendamment les différentes sources de sons utilisant le server pulseaudio.
En gros, on peut régler le volume de chaque application utilisant le server son pulseaudio.

Pour cela, il suffit d'installer le paquet pavucontrol, qui est disponible dans les dépots de Hardy Heron:
sudo apt-get install pavucontrol

Il faut ensuite s'assurer que l'application qui vous interesse est compatible avec pulse audio (ce qui est le cas de mplayer par défaut sous hardy, ou encore de audacious media player via un module de sortie pulse audio, lui aussi présent par défaut).
Et voila ce que ça donne:

pavucontrol.png